Američki centri za kontrolu i prevenciju bolesti, CDC, pokrenuli su konzorcij za pokretanje nacionalne mreže laboratorija za sekvenciranje koje će ubrzati objavljivanje podataka o sekvenci SARS-CoV-2 u javno vlasništvo. Brzo objavljivanje otvorenih podataka o redoslijedu koronavirusa pomoći će vam Covid-19 odgovor javnog zdravlja, potaknuti inovacije i otkrića, te unaprijediti razumijevanje ove i budućih pandemija.
ovo Sekvenciranje SARS-CoV-2 za odgovor na vanredne situacije javnog zdravlja, epidemiologiju i nadzor (SFERES) konzorcijum, koji će znatno proširiti upotrebu sekvenciranje cijelog genoma (WGS) virusa COVID-19. SPHERS će pružati konzistentne podatke o sekvencama u realnom vremenu timovima za javno zdravstvo koji istražuju slučajeve i grupe COVID-19 širom zemlje.
Ovaj novi konzorcij pomoći će im da bolje razumiju kako se virus širi, kako na nacionalnom nivou, tako iu njihovim lokalnim zajednicama. Bolji podaci će zauzvrat pomoći službenicima javnog zdravstva da prekinu lance prijenosa, spriječiti nove slučajeve bolesti i zaštititi i spasiti živote.
“SAD su vodeći u svijetu u naprednom brzom sekvenciranju genoma. Ovaj koordinirani napor u našim javnim, privatnim, kliničkim i akademskim laboratorijama javnog zdravlja imat će vitalnu ulogu u razumijevanju prijenosa, evolucije i liječenja SARS-CoV-2. Uvjeren sam da naši najbolji, najvještiji umovi rade zajedno kako bi nam pomogli da spasimo živote danas i sutra”, rekao je direktor CDC Robert Redfield, dr.
Praćenje virusa COVID-19 kako se razvija
Podaci genomske sekvence mogu dati neviđen uvid u biologiju SARS-CoV-2, virusa koji uzrokuje COVID-19, i pomoći u definiranju promjenjivog pejzaža pandemije. Sekvencioniranjem virusa iz cijele Sjedinjenih Država, CDC i druga tijela za javno zdravstvo mogu pratiti važne promjene u virusu i koristiti ove informacije za usmjeravanje praćenja kontakata, napore za ublažavanje posljedica javnog zdravlja i strategije kontrole infekcije.
Konzorcij SPHERES je ambiciozan napor da koordinira sekvenciranje genoma SARS-CoV-2 na nacionalnom nivou, organizirajući desetine manjih, pojedinačnih napora u jedinstvenu, distribuiranu mrežu laboratorija, institucija i korporacija. Konzorcij objedinjuje stručnost, tehnologiju i resurse 40 državnih i lokalnih odjela za javno zdravstvo, nekoliko velikih kliničkih laboratorija i preko dvadesetak suradničkih institucija u saveznoj vladi, akademskoj zajednici i privatnom sektoru.
Spheres će uspostaviti najbolje prakse i standarde za konsenzus podataka, ubrzati otvorenu razmjenu podataka i uspostaviti skup resursa i stručnosti kako bi pomogao da se najsavremenija tehnologija donese u nacionalni odgovor na COVID-19.
SPHERE podaci otvoreni, zajednički
Članovi konzorcijuma dijele opredijeljenost za brzo dijeljenje otvorenih sekvenci. Planiraju da dostave sve korisne podatke o sekvenci u javna spremišta u Nacionalnom centru za biotehnološke informacije Nacionalne medicinske biblioteke (NLM/NCBI), Globalnoj inicijativi za razmjenu podataka o ptičjoj influenci (GISAID) i drugim javnim repozitorijumima sekvenci. Ovo će pomoći da se osigura da podaci o virusnim sekvencama iz cijele Sjedinjenih Država budu brzo dostupni za donošenje odluka u javnom zdravstvu i slobodno dostupni istraživačima svuda.
Članovi konzorcija uključuju:
Federalne agencije i laboratorije
Centri za kontrolu i prevenciju bolesti, Ured za napredne molekularne detekcije
Nacionalna laboratorija Argonne
Agencija za zdravstvo odbrane, Global Infectious bolest Nadzor
Food and Drug Administration
Lawrence Berkeley Nacionalna laboratorija
Nacionalna laboratorija Los Alamos
Nacionalni institut za alergije i infektivne bolesti, Kancelarija za genomiku i naprednu tehnologiju
Nacionalni institut za standarde i tehnologiju
Nacionalni centar za biotehnološke informacije Nacionalne medicinske biblioteke
Walter Reed Army Institute of Research
Državne/lokalne laboratorije javnog zdravlja
Arizona
Kalifornija
Delaver
District of Columbia
Florida
Havaji
Mejn
Merilend
Masačusets
Mičigen
Minesota
Sjeverna Karolina
Sjeverna Dakota
Nevada
New Mexico
Njujork
Juta
Virdžinija
Vašington
Viskonsin
Vajoming
Akademske institucije
Baylor University
Cornell University
Fred Hutchinson Centar za istraživanje raka
Medicinski fakultet Mount Sinai
New York University
Univerzitet Sjeverne Arizone
Univerzitet u Bufalu
University of California, Berkeley
University of California, Davis
University of California, Irvine
University of California, Los Angeles
University of California, San Francisco
Kalifornijski univerzitet, Santa Cruz
University of Chicago
University of Maryland
University of Minnesota
Univerzitet u Nebraski
Univerzitet u Novom Meksiku
Univerzitet u Vašingtonu
Univerzitet Yale
korporacije
Abbott Diagnostics
bioMerieux
Genomika boja
Gingko Bioworks
IDbyDNA
In-Q-tel
LabCorp
Jedan kodeks
Oxford Nanopore Technologies
Pacific Biosciences
qiagen
Quest Diagnostics
Zaista nauke o životu
Nazivi korporacija su dati samo u informativne svrhe, a njihovo uključivanje ovdje ne predstavlja odobrenje korporacija ili bilo kojeg od njihovih komercijalnih proizvoda ili usluga od strane američkih centara za kontrolu i prevenciju bolesti.
Neprofitni javnozdravstveni ili istraživački instituti
Udruženje laboratorija za javno zdravlje
Bill i Melinda Gates Fondacija
Široki institut
Chan Zuckerberg BioHub
Institut Craig Venter
Javnozdravstveni savez za genomsku epidemiologiju
Scripps Research
Jackson Laboratory
Translational Genomics Research Institute – Sjever
Walder Foundation
U proteklih šest godina, CDC-ov Ured za naprednu molekularnu detekciju ulagao je u savezne i državne laboratorije javnog zdravlja kako bi proširio upotrebu genomike patogena i drugih naprednih laboratorijskih tehnologija za nadzor zaraznih bolesti i odgovor na epidemiju. Trenutna investicija konzorcija ima za cilj spasiti živote u pandemiji SARS-CoV-2 i pripremiti Sjedinjene Države i svijet za budući odgovor na pandemiju.
Da biste saznali više o genomskom sekvenciranju ili radu CDC-a u naprednoj molekularnoj detekciji, posjetite https://www.cdc.gov/amd/
