A nedavna studija identifikuje u novi koronavirus odgovoran za epidemiju upale pluća u kineskoj provinciji Hubei—virus porijekla slepih miševa povezan je s drugim poznatim patogenim koronavirusima
The 2019 Novi koronavirus (CoV) uzrokuje smrtonosnu upalu pluća koja je odnijela preko 1300 života, s više od 52000 XNUMX potvrđenih slučajeva infekcije od strane 13. februara 2020., sve u rasponu od nešto više od mjesec dana. Ali, šta je ovaj virus? Je li to sasvim novi virus? Odakle je došlo? Naučnici iz vrhunskih istraživačkih instituta u Kini udružili su se da odgovore na ova pitanja, a ova pionirska studija objavljena je u Kineski medicinski časopis.
https://www.youtube.com/watch?v=jFKWluuMdgs
Početkom decembra, nekoliko ljudi u gradu Vuhanu u kineskoj provinciji Hubei počelo je da se razboli nakon odlaska na lokalnu pijacu morskih plodova. Imali su simptome kao što su kašalj, groznica i kratak dah, pa čak i komplikacije povezane sa sindromom akutnog respiratornog distresa (ARDS). Neposredna dijagnoza bila je upala pluća, ali je tačan uzrok bio neobjašnjiv. Šta je izazvalo ovo novo izbijanje? Je li to teški akutni respiratorni sindrom (SARS)-CoV? Je li to bliskoistočni respiratorni sindrom (MERS)-CoV? Kako se ispostavilo, naučnici su preduzeli studiju za identifikaciju ovog virusa u decembru nakon analize prvih nekoliko slučajeva. Ova studija je sada objavljena u Kineski medicinski časopis i identitet virusa je utvrđen - to je potpuno novi virus, blisko povezan sa šišmišjim SARS-ovim CoV-om. Dr Jianwei Wang (Kineska akademija medicinskih nauka, Institut za biologiju patogena), vodeći istraživač studije, kaže: “Naš rad je utvrdio identitet CoV porijekla slepih miševa koji je do sada bio nepoznat."
U ovoj studiji, naučnici iz renomiranih istraživačkih instituta u Kini, poput Kineske akademije medicinskih nauka, Instituta za biologiju patogena, Kinesko-japanske bolnice prijateljstva i Peking Union Medical College, zajednički su otkrili i identifikovali novi CoV – glavnog krivca za izbijanje epidemije u Wuhanu – sekvenciranjem sljedeće generacije (NGS). Fokusirali su se na pet pacijenata primljenih u bolnicu Jin Yin-tan u Wuhanu, od kojih su većina bili radnici na pijaci morskih plodova Huanan u Wuhanu. Ovi pacijenti su imali visoku temperaturu, kašalj i druge simptome, a prvobitno im je dijagnosticirana upala pluća, ali nepoznatog uzroka. Stanje nekih pacijenata se brzo pogoršalo do ARDS-a; jedan je čak i umro. Dr Wang kaže, “Rendgenski snimak grudnog koša pacijenata pokazao je nejasne zamućenosti i konsolidacije, tipične za upalu pluća. Međutim, htjeli smo saznati što je uzrokovalo upalu pluća, a naši kasniji eksperimenti otkrili su točan uzrok—novi CoV koji ranije nije bio poznat."
Za studiju su naučnici koristili uzorke tečnosti iz bronhoalveolarne lavaže (BAL) uzete od pacijenata (BAL je procedura u kojoj se sterilna tečnost prenosi u pluća kroz bronhoskop i zatim sakuplja za analizu).
Prvo, naučnici su pokušali da identifikuju virus sekvenciranjem genoma, koristeći NGS tehnologiju. NGS je poželjna metoda skrininga za identifikaciju nepoznatih patogena jer brzo otkriva i isključuje sve poznate patogene mikroorganizme u uzorku. Na osnovu sekvenciranja DNK/RNA iz uzoraka BAL tečnosti, naučnici su otkrili da većina virusnih očitavanja pripada porodici CoV. Naučnici su zatim sastavili različita „čitanja“ koja su pripadala CoV i konstruisali čitavu genomsku sekvencu za novi virus; ove sekvence su bile 99.8-99.9% slične među uzorcima svih pacijenata, što potvrđuje da je ovaj virus bio čest patogen kod svih pacijenata. Nadalje, koristeći analizu homologije, gdje se sekvenca genoma upoređuje s drugim poznatim sekvencama genoma (sa unaprijed postavljenim pragom od 90% da bi se smatrala "novom" sekvencom), potvrdili su da je sekvenca genoma ovog novog virusa 79.0% sličan SARS-CoV, oko 51.8% sličan MERS-CoV, i oko 87.6–87.7% sličan drugim CoV-ovima sličnim SARS-u iz kineskih slepih miševa (zvanih ZC45 i ZXC21). Filogenetska analiza je pokazala da su sekvence pet dobivenih sojeva CoV najbliže onima sojeva izvedenih slepih miševa, ali su formirale zasebne evolucijske grane. Ovi nalazi jasno upućuju na to da virus potiče od slepih miševa. Dr Wang navodi, “Budući da su sličnosti gena virusne replikaze sa svim drugim poznatim “sličnim” virusima još uvijek manje od 90%, a uzimajući u obzir i rezultate filogenetske analize, smatramo da je to zaista novi, do sada nepoznat CoV. Ovaj novi virus se privremeno zove 2019-ncov."
Na kraju, naučnici su prešli na "izolaciju" virusa iz uzoraka BAL tečnosti tako što su u laboratoriji proveravali da li uzorci tečnosti pokazuju citopatski efekat na ćelijske linije. Ćelije izložene uzorcima tečnosti posmatrane su pod elektronskim mikroskopom, a naučnici su pronašli karakteristične strukture nalik CoV-u. Također su koristili imunofluorescenciju – tehniku koja koristi specifična antitijela označena fluorescentnim bojama. Za to su koristili serum pacijenata koji se oporavljaju (koji je sadržavao antitijela), koji su reagirali s virusnim česticama unutar stanica; ovo je potvrdilo da je ovaj virus zaista bio uzrok infekcije.
Ova studija otvara put budućim studijama kako bi bolje razumjeli virus i njegove izvore, posebno s obzirom na njegovo brzo širenje, njegovu sposobnost da izazove fatalni ARDS i paniku uzrokovanu epidemijom. Iako su 4 od 5 pacijenata kod kojih je ovaj virus identificiran bila s pijace morskih plodova u Wuhanu, tačno porijeklo infekcije nije poznato. CoV se mogao prenijeti na ljude preko "srednjeg" nosača, kao što je slučaj sa SARS-CoV (meso palmine cibetke) ili MERS-CoV (deva). Dr Wang zaključuje, “Svi CoV kod ljudi su zoonoza, a nekoliko ljudskih CoV potiče od slepih miševa, uključujući SARS- i MERS-CoV. Naša studija jasno pokazuje hitnu potrebu za redovnim praćenjem prenošenja CoV-a porijeklom slepih miševa na ljude. Pojava ovog virusa predstavlja ogromnu prijetnju javnom zdravlju i stoga je od ključne važnosti razumjeti izvor ovog virusa i odlučiti o sljedećim koracima prije nego što budemo svjedoci širenja epidemije. "
